Эфемероидное луковичное растение до 30 см высотой. Луковицы продолговатые, 6-8 см длиной, 1,2-1,3 см шириной, находятся на глубине 15-22 см. Листьев два, крупных, продолговато-овальной формы, 7-17 см длиной и 3,5-8 см шириной, с черешками до 7 см длиной. Цветонос одиночный, с одним розово-пурпурным поникающим цветком до 9 см в диаметре, напоминающим цикламен. Листочки околоцветника продолговатые или ланцетные, острые, в основании с темным пятном. Тычинки неравные, короче столбика. Пыльники черные, 4-8 мм длиной. Рыльце короткое трехлопастное. Плод — коробочка обратнояйцевидная, с тремя тупыми ребрами, длиной 1,2-2,2 см и шириной 1,5-2 см.
На Курильских островах цветет в мае, семена созревают в половине июля, вскоре после этого (в конце июля) надземные органы растения отмирают.
Кандык японский с восточноазиатским, преимущественно островным типом ареала. На территории России вид распространен только на Курильских островах, в основном на Кунашире и редко на Урупе. Местонахождения вида на юге Сахалина (в Долинском районе), видимо, утрачены. За пределами России кандык японский встречается в Японии и на Корейском полуострове. На Курилах вид растет на лугах, среди высокотравья, на лесных полянах. Характеризуют вид как средневлаголюбивый, светолюбивый, предпочитающий почвы, богатые гумусом. Запасы этого вида незначительны. В массе его встречала Е.М. Егорова только в одном месте на Кунашире по охотоморской стороне острова у подножия морской террасы среди высокотравья в небольшой кленовой роще. Вид подлежит региональной охране, относится к растениям, находящимся под угрозой исчезновения. Занесен в «Красную книгу РСФСР». При рекомендациях его как лекарственного растения необходимо прислушаться к советам по быстрейшему широкому введению его в культуру.
Семена кандыка с очень маленьким зародышем и мощным эндоспермом. Попытки размножения кандыка японского предпринимались на Сахалине. При посеве семян сразу после их сбора всходы появлялись в августе на следующий год. При размножении луковицами их высаживали на глубину 15-22 см, считая от донца. Некоторые растения зацветали на 3-й год, другие же появлялись на поверхности почвы лишь на 5-6-й год.
Согласно данным Н. Isono, кандык японский в своем составе содержал высшие жирные кислоты, высшие алифатические углеводороды и альдегиды, высшие алифатические спирты. Углеводороды, альдегиды и жирные кислоты присутствовали в надземной части. Спирты гептакозанол-10 найден в цветках, плодах и стеблях, нонакозанол-10 — в стеблях и листьях.
Кандык японский используется в восточной медицине. В японской медицине кандык (подземная часть) применяется как кардиотоническое, в китайской — как детоксикационное, а также при язвах, абсцессах, фурункулах. Кроме того, указывают на использование различных видов кандыка при язве желудка, как противовоспалительное, диуретическое, гемостатическое, противоглистное, для возбуждения половой активности и наружно в виде компрессов при маститах, в виде примочек при конъюнктивитах.